Meloun je citlivý na nemoci společné pro celý rod Cucumis . Nejškodlivější a nejčastěji pozorovaná padlí způsobená houbami. Infekce se projevuje ve formě šedobílého povlaku na listech a stoncích, které rychle vysychají a odumírají. Plody přestávají růst, nezískávají cukr ani nezhořknou. Za mírného počasí a optimální vlhkosti je léze slabší. Odrůdy Kolkhoznitsa 479, Komsomolskaja Pravda 142, Citronově žlutá, Novinka Kuban, Krasnodar a hybridy (F1) Reimel, Ricura, Galia, Aikido, Popelka jsou méně napadeny padlí.
Plíseň na melounu je méně častá než skutečná plíseň a obvykle se vyskytuje v suchém a horkém podnebí. Častěji se onemocnění vyvíjí ve druhé polovině vegetačního období.
Vadnutí fusaria postihuje meloun ve všech stádiích vývoje a probíhá ve dvou formách - akutní, při které rostlina odumře během 2–4 dnů, a chronická, pomalá - v tomto případě se na dospělých listech tvoří lehké, chlorotické skvrny a mladé listy se zdeformují. Patogen se přenáší půdou, semeny a rostlinnými zbytky.
Divoké druhy zůstávají imunní vůči chorobám fusarium: Cucumis ficifolius Rich., Cucumis zeyheri Sonnd., Cucumis prophetarum L. Používají se jako genetický materiál při šlechtění melounů pro odolnost vůči fusáriu.
Ascochitis je častěji pozorován při pěstování melounů ve skleníku nebo ve filmu. Když jsou infikovány, stonky nejdříve zhnědnou, poté se po okraji listu objeví hnědé skvrny. S časnou infekcí rostlin je možné stoprocentní smrt plodiny.
V evropské části Ruska jsou bakteriózy melounů různé etiologie vysoce rozvinuté. K této infekci přispívají vysoké noční teploty (nad 17 ° C) a rosa. Slabší bakteriózy ovlivňují odrůdy Ozhen a Gift.
Virová onemocnění - virus mozaiky okurky (VOM, který je všudypřítomný, a virus mozaiky melounu (VMA). Viry jsou přenášeny mšicemi. Listy získávají pestrou bílo-světle žlutozelenou barvu, deformují se, scvrkávají se, vaječníky spadnou, na kůře ovoce se objeví mramorování. Masivní vývoj choroby je pozorován ve druhé polovině vegetačního období.
V tradičních zónách pěstování melounů (Astrachaň, Volgograd, Rostov, regiony, území Krasnodar a Stavropol, Republika Krym) je největší škoda způsobena muškou melounovou ( Dacus cucurbitae Cog). Je schopna zničit až 100% úrody. Mouchy prorazí kůru svým vajíčkem a kladou vajíčka do plodu. Larvy, které se z nich vylíhnou, krmí se dužinou, dělají v ní pohyby, znečišťují je výkaly. Výsledkem je, že plody hnijí. Moucha přezimuje ve stadiu falešného kokonu v půdě v hloubce 15 cm, na jihu země dává přes léto dvě generace (vznik první generace spadá do doby tvorby vaječníků). Neexistují žádné odrůdy odolné vůči tomuto škůdci. Počet much melounů řídí pouze lesní mravenci.
Na ochranu proti němu jsou rostliny preventivně postřikovány insekticidními přípravky systémového účinku, jsou umístěny feromony nebo barevné pasti. Ve velkých izolovaných oblastech (ostrovy, v horských údolích) se uvolňují samci sterilizovaní gama zářením, aby se omezilo oplodnění úhořů. Na letních chatkách a pozemcích pro domácnost je použitelná starodávná kavkazská metoda pro zachování sklizně - zakopání plodů, které dosáhly velikosti kuřecího vejce, do země.
